ΠΕ 1.75

Υποψήφιος Διδάκτορας: Θεοφιλάτος Κωνσταντίνος

Τίτλος: «Χρήση Ευφυών Αλγοριθμικών τεχνικών για επεξεργασία πρωτεϊνικών δεδομένων»

Επιστημονικός Υπεύθυνος: Λυκoθανάσης Σπυρίδων

Τμήμα:Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής

Διάρκεια Υλοποίησης: 01/09/2010 έως 31/08/2013

Περιγραφή:
Στις μέρες μας νέες πειραματικές μεθοδολογίες έχουν αναπτυχθεί και έχουν την δυνατότητα να εντοπίζουν πολλές πρωτεϊνικές αλληλεπιδράσεις με ένα μόνο πείραμα. Το μεγάλο τους μειονέκτημα όμως είναι ότι είναι επιρρεπείς σε λάθη με συνέπεια τα παραγόμενα δεδομένα να χρήζουν επιπρόσθετης ανάλυσης. Επιπλέον, οι πειραματικές μεθοδολογίες εξακολουθούν να είναι πιο αργές και ακριβές σε σχέση με τις υπολογιστικές μεθόδους πρόβλεψης. Σκοπός αυτής της διδακτορικής διατριβής είναι ο σχεδιασμός και η υλοποίηση νέων ευφυών υβριδικών αλγοριθμικών τεχνικών οι οποίες θα εξορύξουν γνώση μέσα από τα δεδομένα που παράγονται από βιολογικές πειραματικές μεθόδους σχετικά με την αλληλεπίδραση και τη λειτουργία των πρωτεϊνών. Συγκεκριμένα αναπτύχθηκαν καινοτόμες μέθοδοι υπολογιστικής νοημοσύνης για την πρόβλεψη πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, τον υπολογισμό ενός βαθμού εμπιστοσύνης για κάθε προβλεπόμενη αλληλεπίδραση, την δημιουργία δικτύων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, την εξόρυξη πρωτεϊνικών συμπλόκων από δίκτυα πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων, την πρόβλεψη της λειτουργίας πρωτεϊνών και τον εντοπισμό των miRNAs που ρυθμίζουν την έκφραση κάθε πρωτεΐνης. Τα δεδομένα που χρησιμοποιήθηκαν για τον οργανισμό του ανθρώπου και τα αποτελέσματα της ανάλυσης των αλγορίθμων που παρήχθησαν από την τρέχουσα διδακτορική διατριβή είναι διαθέσιμα μέσω μιας καινούργιας βάσης γνώσης που σχεδιάστηκε στα πλαίσια της διατριβής (http://biotools.ceid.upatras.gr/hint-kb/).

Επικοινωνία:
email: theofilk@ceid.upatras.gr